40 команд начнут борьбу за выход в основную сетку турнира. В первом отборочном этапе, который состоится в октябре в семи городах, сыграют 27 команд Молодежного чемпионата и Высшей лиги, разделенные на семь групп. Сильнейшие в каждой группе и лучшие четыре команды, занявшие вторые места в своих группах, выходят в следующий отборочный этап.
Во втором отборочном туре сыграют 24 коллектива, разделенные на шесть групп, – тринадцать клубов Суперлиги, в том числе БК «Рязань», и команды, получившие право по итогам первого отборочного этапа. Матчи состоятся 29-31 октября. В основную сетку выйдут победители каждой группы, а также две сильнейшие дружины, занявшие вторые места.
На стадии 1/16 финала Кубка России присоединятся коллективы Единой лиги ВТБ – «Енисей» (Красноярск) и «Красный Октябрь» (Волгоград), на стадии 1/8 финала – «Триумф» (Люберцы) и УНИКС (Казань), 1/4 финала – ЦСКА, «Спартак» (Санкт-Петербург), БК «Химки» и «Локомотив-Кубань» (Краснодар). 1/16 финала – 7 и 24 ноября, 1/8 финала – 22 декабря, 26 января, 1/4 финала – 9 февраля, 2 марта, 1/2 финала – 30 марта, 6 апреля, финал – 28 апреля, 4 мая. На каждом этапе Кубка России в основной сетке турнира команды проводят два матча – один дома, второй на выезде. Команда, имеющая более высокий рейтинг по результатам сезона 2012/13, первый поединок сыграет на площадке соперника.